食品廢水處理，應注意生產排水波動對廢水處理過程的影響，應做好相應的廢水預處理，確保后續廢水處理系統連續可靠運行。一般是采用固液分離技術去除廢水中的懸浮物和漂浮物。
食品廢水生化性好，應以生化處理工藝為首選工藝，并盡可能選擇厭氧UASB、IC等厭氧處理技術，能耗低、污泥量少，可以產生生物能。還可以根據廢水處理水量、濃度、 排放標準等，選擇水解酸化、厭氧發酵塔、厭氧接觸床等技術。采用好氧生物技術處理食品廢水時，對于小水量的食品廢水處理工程，建議選用運行穩定的接觸氧化廢水處理工藝；對于水量大的食品廢水處理工程，可選擇活性污泥法，氧化溝工藝等進行處理，去除水中有機物等物質。
若要達到更高的處理效果，需對廢水進行進一步處理，則可采用物化處理工藝，如絮凝沉淀法、催化氧化法、砂濾法、電解法等。