造紙廢水通常仍采用物化和生物法相結合的方式進行處理，整個造紙廢水處理工藝流程可分為預處理、厭氧處理、好氧處理和深度處理四個階段。?
造紙廢水預處理工藝主要有：格柵、斜網、微濾機、調節水量及水質的調節池、沉淀池等組成，主要為了改善廢水水質，同時去除部分污染物質，以便滿足各工藝對進水水質的要求。
物理化學法具有治理快、處理效果好等優點，一般采用的方法包括：高級氧化法、絮凝沉淀法、膜分離法、吸附法等。一般常采用氣浮或沉淀方法，通過投加混凝劑，可去除絕大部分SS，同時去除大部分非溶解性COD及部分溶解性COD和BOD5。
對于高濃度有機廢水，生化處理常采用厭氧處理與好氧處理相結合。其中好氧生物處理法主要包括活性污泥法，生物膜法。厭氧處理主要包括厭氧生物濾池、上流式厭氧濾池、升流式厭氧污泥床(UASB)、厭氧流化床(AFB)、厭氧附著膜膨脹床(AAFEB)以及厭氧浮動生物膜反應器(AFBBR)和厭氧折流板反應器(ABR)等。
對于造紙廢水，由于其自身性質復雜，難以降解，因此單一的處理方法不能達到很好的效果，因此在實際應用中多采用組合工藝的形式，將不同的處理方法進行組合，能夠得到較好的處理效果。